日化所主要从事香料香精、日化产品、食品添加剂、天然活性物质分离纯化（香料、中药材及天然色素等）及新产品研发，涵盖天然香料基地建设、精深加工、调香及天然产物生物应用等领域。现设有天然香料研究室、合成香料研究室、调香研究室、食品添加剂研究室、分析检测室、情报资料室、香料生产车间、食品添加剂生产车间及超临界分子蒸馏车间。
日化所装备有小型和中型超临界二氧化碳萃取、分子蒸馏、微波萃取及超声波萃取等装置；拥有先进的气质联用仪、高压液相色谱仪，以及高精度密度仪、折光旋光仪、红外分光光度计、紫外分光光度计和香料数据库等检测仪器设备资源，可为相关行业、企业新产品研发及质量控制服务。中国香料香精化妆品工业协会职业培训中心重庆培训部挂靠日化所，能为中小企业提供人才培训服务。
日化所辖有重庆市超临界精细化工生产力促进中心、重庆市精细化工分离纯化过程控制工程技术中心等研发与技术服务平台。先后与中国科学院地球化学研究所、重庆大学、西南大学、重庆工商大学等结成长期战略合作关系，与重庆灵方生物技术有限公司、重庆三恒农业发展有限公司、景谷邦永生物资源开发有限公司等签署产学研全面合作协议。
日化所累计完成国家科研项目170余项，取得科研成果280项，获部、省、市重大科技成果奖和进步奖49项，科研成果转化推广率达80%以上。