研究所下设13个项目组，包括桃、杏李、樱桃、葡萄、草莓、树莓、核桃、板栗、栽培、生物技术、果品贮藏加工、北京林业研究中心、农业部果品及苗木质量监督检验测试中心项目组；下设3个公司，包括北京京林创新园艺科技有限公司、北京北方果林科技开发有限公司、北京金核桃园艺研究中心。研究所现有在职职工120人，其中科技人员60余人。

研究所科研设施较为齐全。建有“果实品质评价实验室”、“北京市自然科学基金果树逆境生理重点实验室”、“北京市农业生物技术研究中心（果树部分）”、“农业部果品及苗木质量监督检验测试中心实验室”等；拥有原子吸收仪、气相色谱仪、高压液相色谱仪、自动滴定仪、微波消解仪、原子荧光光度计、高速冷冻离心机、光合测定仪、植物冠层图像分析仪、PCR仪等设备；建有600平方米组培车间、300平方米连栋温室、20栋日光温室、480吨容量的气调和机械式冷库。

研究所以“核果类、浆果类、干果类”果树资源、育种、生物技术研究为主的研究方向，承担着北京市科委、市农委、市发改委、科技部、农业部、国家林业局各类课题40余项。自建所以来，已获得部市级科研成果90余项。林果资源与育种研究取得了显著的成绩。研究所是“国家种质资源圃——北京桃、草莓圃”和“北京果树种质资源库”所在地，保存林果资源3000余份。先后培育审定了59个具有自主知识产权的林果新品种，其中“九五”以来审定的新品种有30余个。许多品种在生产上大面积应用。果树生物技术研究取得了显著地进展，主要开展了桃、杏、樱桃、葡萄、草莓、核桃、板栗、苹果、梨分子标记、指纹图谱及转基因研究。