病原微生物与免疫学院重点实验室包括10个课题组，固定研究人员70余人，研究生人数近百人，拥有5套生物安全二级实验室和一个正在建设中的生物安全三级实验室。在病毒性肝炎、艾滋并禽流感、猪链球菌感染等传统和新发传染病研究领域取得一系列重要成果，特别在病毒融合机制、T细胞免疫、结构免疫学以及病原微生物跨种间传播机制等方面做出了自己的特色。